Você está trabalhando ou se divertindo com o seu computador tranquilamente e resolve parar por alguns minutos. Afasta-se do PC e vai fazer alguma outra coisa ou talvez descansar um pouco e quando volta percebe que a luz que indica o funcionamento do seu disco rígido não para de piscar.
Por que isso acontece? "Será que entrou algum vírus em meu computador ou coisa parecida?", pensam os mais temerosos. A verdade é que, embora haja casos de infecção do PC por software malicioso, nem sempre esse comportamento é algo ruim, muito pelo contrário.
A intermitência do LED indicador do disco rígido significa que está havendo leitura, escrita e/ou execução de arquivos pelo sistema operacional ou programas. Naturalmente, isso acontece mesmo quando você não está utilizando o computador, só que de uma forma menos frequente, em segundo plano, para aproveitar o processamento ocioso da máquina.
Mantendo a casa organizada
O Windows possui diversos recursos e funções que visam garantir o bom funcionamento do computador e que só funcionam em segundo plano: ele literalmente espera você parar de usar o computador para só então ativar essas funções e colocá-las para trabalhar. Muitas dessas funções precisam escrever e/ou ler dados no HD ou SSD, fazendo com que a luz indicadora pisque.

Alguns exemplos do que o Windows faz para manter seu PC em bom funcionamento são os seguintes:
Indexação de arquivos: o sistema pode estar fazendo uma varredura nos seus arquivos pessoais, softwares instalados e demais itens a fim de aprimorar a indexação e tornar a busca mais eficiente;
Desfragmentação de disco: versões mais recentes do Windows (a partir do Windows Vista) já trazem configuradas por padrão rotinas automáticas de desfragmentação do disco rígido para que você não se preocupe em iniciar um defrag manual (embora ainda possa optar por fazê-lo);
Software antivírus: seu programa antivírus favorito pode, de tempos em tempos, fazer uma varredura no sistema em busca de programas infectados a fim de eliminar ou colocá-los em quarentena;
Backup: se você agendou um backup periódico dos seus arquivos, o sistema com certeza irá executar esse procedimento no horário agendado, fazendo o HD trabalhar;
Atualizações automáticas: não só o Windows Update como alguns programas instalados em seu computador (como o Mozilla Firefox e o Google Chrome, por exemplo) costumam funcionar em segundo plano e fazer o download e instalação de atualizações automaticamente. Se você gosta de games e usa o Steam, Origin ou outro software do gênero, ele também atualiza seus jogos instalados - e a si próprios - automaticamente.
Quem está usando o HD afinal?
É possível verificar quais processos e softwares estão utilizando o disco rígido em um sistema Windows. A Microsoft oferece ferramentas nativas para visualizar e gerenciar processos, permitindo inclusive que se encerre ou pause processos indesejados.
No Windows 8.x, basta pressionar as teclas Ctrl+Shift+Esc no teclado para abrir o Gerenciador de Tarefas. A coluna "Disco" indica a lista de processos ativos que estão lendo e/ou escrevendo dados no HD.

Ainda no Gerenciador de Tarefas, clicando na aba "Desempenho", é possível verificar o uso geral do disco rígido (e quaisquer partições existentes) num gráfico intuitivo.

No Windows 7, o Monitor de Recursos permite verificar quem está usando o HD ao clicar no botão correspondente na janela do Gerenciador de Tarefas.

Como vimos, o piscar da luz do HD em seu computador acontece por motivos naturais e não há motivo para preocupação. Isso acontece apenas devido ao funcionamento normal de seu sistema operacional.
Se mesmo com essas dicas você suspeite um funcionamento fora do normal, convém tomar as medidas necessárias para eliminar o problema. Mas é sempre bom conhecer melhor o computador para evitar um sentimento desnecessário de paranoia.